允许加计扣除的研发费用、与高企认定归集的研发费用会可能存在差异，如研发下脚料收入应冲减研发费用总额，不允许加计扣除，但高企认定时却不需要冲减。原因是政策依据不同，加计扣除主要的文件是《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号），而高企认定主要依据《科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理办法》的通知》（国科发火[2016]32号）、《科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理工作指引》的通知》（国科发火[2016]195号），具体差异可以参考《研发费用税前加计扣除新政指引（2.0版）》