加计扣除金额与账面金额存在不一致的，必须是政策规定所导致的不一致（如房屋租赁费、其他费用限额等），若存在其他非政策原因导致的不一致的，审核的专家会质疑研发支出金额的准确性和真实性，从而影响专家打分。另外作为审计单位，审计报告上研发费用的金额是和所得税年报中主表上面的利润表的数字核对，不是与加计扣除的金额核对。